清代是蒙古社会从传统的单一游牧经济转变半农半牧社会的重要转变期。伊克昭盟地区自然资源开发利用对游牧经济带来了非常大的影响。
研究发现，甘草采挖是缓解蒙旗债务压力的重要途径之一，但采掘甘草对草原生态带来了破坏；准格尔旗林木资源的砍伐是主要由内地移民偷伐，蒙旗贵族台吉等也因贪图利益把本旗林木卖给民人时常发生，这也导致准格尔旗生态环境失去平衡；虽然清代伊克昭盟地区煤炭资源禁止开发利用，但是时常发生偷挖煤窑之事。虽然开发自然资源使伊克昭盟生态环境失去平衡，另一方面，对伊克昭盟蒙旗的多元经济带来了发展。
植物资源的利用
一、甘草的分布与经营
自古以来，鄂尔多斯地区盛产药材。其独特的地理环境和气候条件决定了鄂尔多斯地区的药用植物种类多样，蕴藏量大。甘草尤为出名，故称鄂尔多斯地区为“甘草之乡”。
对甘草的采集药用已有几千年的历史，我国第一部药物专著《神农本草经》中，就把甘草列为上品，其根、稍、头皆可入药。据载，根主治五脏六腑寒热邪气，稍生用治胸中积热，头用于消肿导毒。甘草久服多服不伤脾肝，可延年益寿，除自身有主治功效外，调和诸药以及缓急镇痛等辅助治疗，历史上中医有“十方九草”之说，是名副其实的“众药之王”。
鄂尔多斯地区是甘草的主要产地之一。甘草具有顽强的生命力和耐寒力，由于气候和生长环境适宜，常能形成甘草群落。其中杭锦旗、鄂托克旗和达拉特旗所产的甘草数量为最多。
二、甘草利用过程与影响
川清末民初，伊克昭盟的甘草产量每年可达万市斤以上。在托克托河口镇设草店以前，甘草运输依靠运盐碱、红柳条的船只捎带到河口镇码头，上岸就地出售。后来，因各地商人来河口镇买草的增多，山西保德州马家投资设立了“晋益恒”草店，后改名“荣升昌”，经营至民国十四年（）歇业。
民国初期，因英美国家烟草需求量的增加，天津梅隆洋行挂牌收购甘草，他们与河口镇“公义昌”等几家草店订立合同，从伊克昭盟地区收购大量甘草，拉动了伊克昭盟甘草行业的发展。
在铁路未修至包头前，各草场都会将所出产的甘草运到托克托县河口镇。各地买草的客人也都集中在那里。河口镇成为甘草和其他货物的集散地。各草场的甘草，有的以牛车运到黄河岸口，有的以络驼运至岸口装船。
因一般能装五万斤的船，装得多难免左右摇晃，只装三四万斤草。后来，民国时期，因京绥铁路向西延伸到包头，为西北地区提供了方便快捷的交通条件，即省时间，有省运费，所以河口镇的地位很快被包头取代，甘草商们也聚集到了包头。
游牧民族自古以来就有人与自然和谐的生态文化观、万物有灵和崇尚自然的宗教信仰，其最基本内容是祭祀日月星辰、高山大河、草原上生息的所有生灵。用生态学的理论来说便是：敬畏生命、尊重自然、和谐共处。
而祭拜“敖包”是蒙古民间最普遍的一种祭祀活动，“它是山神、地神及游牧民族保护神的化身”。随着清末封禁政策的松弛，内地移民的增多而采挖甘草之事亦日益增多。无规划的采挖和掏草工人的管理不到位，进入蒙旗的翁衮敖包之禁地采挖的事情也屡次发生。
在杭锦旗掏挖甘草的民人大部分还是守规矩，遵守蒙旗习俗。但是，民人张、明、韩等人为了利益不顾蒙古之忌，随意进入蒙古牧民世代祭拜的敖包等地进行掏挖甘草，破坏优良的牧场。由于蒙古族非常注重风水，他们请喇嘛在特古斯淖尔集会三天，以请求原谅破坏敖包地之过，杭锦旗札萨克衙门为了惩罚民人张、明、韩等人，让他们出喇嘛念经的费用，各罚一头大畜，引以为戒。
由于禁令的松弛和蒙旗的招租抵押，导致各甘草商号对鄂尔多斯地区的甘草资源进行掠夺性滥挖掘，因甘草是深土埋藏的根茎植物，有些生长年久的甘草埋藏的很深，需挖大而深的坑才能挖出甘草。
清代、民国时期，鄂尔多斯地区大面积肆意开挖，导致原先甘草质量最佳、产量最丰的杭锦旗和鄂托克旗变成鄂尔多斯地区沙漠化最严重的地区。反映出无规划肆意的采挖甘草所引发的严重后果。
林木资源的利用
一、清代伊克昭盟林木资源的采伐与纠纷.
在清代史料记载中，鄂尔多斯地区毛乌素沙地普遍生长着灌木，局部地区有沙地柏、柽柳等分布。准格尔旗在清初时,森林相当茂密，原始森林分布辽阔而均匀，绿树成荫，盛产松柏。准格尔旗西部准格尔召在清康熙二十二年(年)重建时，庙址周围仍然有森林生长。
伴随着人口的大量增多，使外来民人除了农耕，亦对蒙旗的林木资源进行砍伐，虽违反朝廷法规，但是为了生计进行偷伐偷运之事时常发生。
民人为了利益，不顾律令，自造船只渡河将准格尔旗境内林木大量砍伐偷运，虽准格尔旗与归化城都统派官兵合力驻守，但屡禁不止，准格尔旗黄河沿岸的木材被隔岸的清水河等地民人时常偷伐，让驻守沿河渡口之官兵防不胜防。除了越境偷伐树木之外，内地民人在蒙旗偷伐树木之事也屡次发生。
清代准格尔旗林木砍伐非常严重，林木大面积减少。盗伐者不光砍伐林木，还砍伐灌木，不顾当地生态环境，甚至放火烧毁林地，破坏牧民赖以生存的土地，滋生事端。
更嚣张的是，盗伐者不仅殴打官员致伤，还手持器械威胁官差，严重威胁了社会稳定。到了清末，鄂尔多斯地区林木资源滥采滥伐现象不但没有消减，反而札萨克旗蒙古台吉、官员因有利可图也加入采伐活动。
二、寺院修建与木材贸易
清代伊克昭盟地区的林木资源被一些直接获得木材、薪碳，甚至以砍伐林木为目的的人类活动造成了巨大破坏。这使伊克昭盟地区林木资源缩减速度更快，破坏也更为彻底。其中之一便是兴建寺庙。
由于木材是寺庙的主要建筑材料，加上伊克昭盟地区林木资源经过多年的过度消耗已经没有可供修建寺庙的大型木材，使得伊克昭盟本地满足不了大量的采用量，从而修建寺庙时木材均从乌拉特莫尼山、大青山、甘肃省等远山林区求助或购买。
随着藏传佛教的盛行，蒙古王公为成佛得道，拼全力修建寺庙。建筑寺庙成为一种奢侈浪费之风，纷纷拿出金银建寺庙甚至互相比赛，看谁建的庙多,看谁建的庙规模宏伟。
伊克昭盟各蒙旗从邻近的盟或省购买大量木材建庙宇。乾隆五十四年（年），伊克昭盟为建庙，从甘肃省所购买的木材有株。因蒙旗从甘肃省运大量的建庙所用木材，到了乾隆五十六年（年），导致了甘肃省木材大量减少，理藩院不得不禁止伊克昭盟从甘肃省运木材。
虽然蒙旗最初对砍伐之事持以反对态度，旗衙门遏制非法砍伐，但是到后来在利益的趋动下，蒙人逐渐参与砍伐树木，加速了对森林植被破坏的进程。修建寺庙之风盛行的情况下，从甘肃、包头、乌拉特等地大量购买木材，不仅加重了伊克昭盟蒙旗财政的负担，债台高筑，同时导致森林资源丰富的原产地生态环境造成了不可恢复的破坏，加剧了整个区域的沙漠化。
清代时期鄂尔多斯地区亦有原始森林存在，其主要分布于准格尔旗准格尔召周围。但随着准格尔旗人口的增多，长期性、毁灭性的砍伐导致准格尔旗森林植被遭到了无法恢复的破坏，加剧了森林资源的枯竭，导致生态失去平衡，野生动物锐减，水土流失严重。
矿产资源的经营概况
一、清代鄂尔多斯地区煤炭蕴藏及经营
伊克昭盟地区在三亿五千年前石炭纪时期，长着郁郁葱葱、广袤无边的原始森林。主要种类有六角鳞木、节厥类的芦木、楔叶和木贼等树木，鳞木和芦木都三、四十米高，直径一米左右的树木。
这些树木在“造山运动”中被埋藏在地下经过几亿年的时间的化学和物理作用，逐渐形成了可燃性矿物，这亦成为当今鄂尔多斯煤田的来源。从准格尔旗羊市塔区发现的元代古城遗址中发现的“煤炭焦渣”中可以断定伊克昭盟地区开采利用煤炭资源历史悠久。
伊克昭盟煤田的主要产区是准格尔旗和郡王旗。准格尔旗的南部和西部及郡王旗的东南部随处可以发现露出地面的煤苗，虽煤苗如此丰富，但开采的甚少。过去当地居民仅土法开采，供他们冬天的燃料而已。他们可以任意开采煤炭，既不用纳税，也不用出资购买，在雇工采煤时给工人几角费用即可。
二、煤炭资源的开采概况
在清代，开采煤矿商民需取得“照”、“票”方可经营，还需向朝廷缴纳一定的赋税。但是，蒙古地区因“封禁”政策，煤矿产业始终没有太大的发展，随着禁令的松弛和人口大的增多，个别地区因煤炭需求的增加，煤炭产业也有了较大发展。
鄂尔多斯地区亦因受移民潮的影响，伊克昭盟各旗自然资源也逐渐被开发。清朝初年，陕西、山西的乡绅，多挈家遁迹鄂尔多斯地区，除事垦殖而外，穴山寻煤，以谋生，系最初来鄂尔多斯挖煤者。煤矿在清代称之为煤窑，清代鄂尔多斯地区数鄂尔多斯左翼前旗（准格尔旗）煤炭分布最广，煤窑数量亦多。
照例，民人不得在蒙地开采煤窑。但在利益的驱动下,旗衙门未经清政府允许，便让汉民私开煤窑,征收赋税。据记载，当时每口煤窑一年上交旗衙门20两银，用于旗里开销。根据这一标准来计算，年收入大约两左右。
嘉庆以后，三番五次的禁止开采指令非但没有节制煤炭资源的开发，开采之风反而越来越嚣张，纳林沟一带的采煤一度很盛行，形成相当规模。
这也说明地方官员管理不到位，纵容民人开采煤矿，放任蒙民伙同非法开采煤矿，导致前来乃林郭勒采煤之民人越来越多。
到了咸丰六年（年）民蒙伙同在乃林郭勒地方7-间房屋，不但大规模集体寄居，而且地方官员多尔济徇私舞弊，为移民提供保护，让乃林郭勒地方移民目无章法，集结二百多人手持器械，将派去捕役华补旺殴打重伤，使禁矿之令实行困难重重，无法彻底的禁止。
鄂尔多斯地区矿产储存量大，若合理、持续绿色发展可助鄂尔多斯地区地经济发展和增加财政收入。但当地衙门并未合理规划煤炭的开发，开发工具简陋、开发方式落后等原因不仅没有有效利用当地煤炭，煤炭开发混乱，开发利用效率低下，还因争夺煤窑，当地蒙古人不同意开发等问题引发了当地蒙古人与民人间、非法开采煤炭的民人与民人间的矛盾。除此之外，当地衙门并未重视煤炭资源开发利用，未有效管理煤窑开采，导致非法开采问题频发，煤矿开发利用对税收收入、财政收入的作用不显著。
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